Die Fahnerschen Höhen sind ein landschaftlich und ökologisch sehr reizvolles Natur- und Landschaftsschutzgebiet inmitten der Thüringer Mulde. Im geologischen Sinn handelt es sich bei dem Höhenzug um eine, durch den Aufstieg von Salzen aus dem Untergrund verursachte Aufwölbung beziehungsweise Aufsattelung, die entstehungsgeschichtlich mit dem Ettersberg bei Weimar vergleichbar ist. Auf den Höhen  treten die Gesteine des Oberen Germanischen Muschelkalkes zu Tage.
An Stellen, an denen das Gestein nicht durch Boden oder Vegetation bedeckt wird, sind Funde von Versteinerungen möglich. Im Umfeld der Fahnerschen Höhen stehen die Gesteine  des Unteren Keupers an. Zu erkennen sind sie an den grauen und roten Farben und dem mitunter hohen Tongehalt. Die Keuperböden sind sehr nährstoffarm. Trotzdem gedeihen im Norden der Fahnerschen Höhen umfangreiche Obstplantagen. Der fruchtbare Mutter- und zum Teil Lössboden macht den Anbau möglich. Zudem sorgen ein mildes Klima und der Windschatten des Höhenzuges für gute Anbaubedingungen, die schon im 17. Jahrhundert erkannt wurden.
Die Nutzung der geologischen Rohstoffe beschränkte sich auf Werksteine des Oberen Muschelkalks, hier vor allem des festen Trochitenkalkes. Geringe Nutzung erfuhr die Lettenkohle des Keupers, da die Vorkommen schnell erschöpft und der Heizwert nicht sehr hoch waren. Die zum Teil mehrere Meter mächtigen Lösslehmlager waren die Grundlage für die in früheren Zeiten weit verbreitete und günstige Lehmbauweise. Viele alte Fachwerkhäuser zeugen noch heute davon und seit einiger Zeit besinnt man sich wieder auf das umweltverträgliche Bauen mit Lehm.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts war der Nachbarort Gierstädt für kurze Zeit Bad- und Erholungsort. Das Prädikat ist auf eine salzige Quelle zurückzuführen, welche durch ein Salinar, möglicherweise in geringem Umfang aus dem Mittleren Muschelkalk oder dem Rötsalz des Buntsandsteins gespeist wurde.
Die guten Böden am Rande der Fahnerschen Höhen bilden, wie bereits erwähnt, die Grundlage für den Obstanbau. In früheren Zeiten spielte jedoch auch der Anbau von Flachs, Waid und Anis eine bedeutende Rolle. Der Färberwaid wurde zum Beispiel über Erfurt bis nach Holland verkauft. Als man jedoch begann Indigoblau zum Bläuen zu verwenden, war es mit dem Waidanbau auch hier vorbei. Vom Anbau und der Verarbeitung des Flachs zeugt noch der Name Flachsröste für einen kleinen, quellgespeisten Teich am Ortseingang Gierstädts.